Web Tool Links Related to GPCR Study

General Molecular Biology Tools:

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1. Addgene:                                      https://www.addgene.org

2. America Patent:                                http://www.lens.org/lens/search?n=10&q=6054271&l=en&st=true

3. BOXSHADE:                                     http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html

4. CLaNP:                                               http://nmr.lic.leidenuniv.nl/paranmr

5. ClusPro:                                              http://cluspro.bu.edu/signup.php

6. Degenerate primers design:           http://dbmi-icode-01.dbmi.pitt.edu/i-codehop-context/

7. DNA sequencing graph:                  https://digitalworldbiology.com/FinchTV

8. EMBLDatabase:                               http://www.ebi.ac.uk/ena/

9. Gnuplot:                                             http://www.gnuplot.info

10. HOLE:                                                

11. KEGG metabolic pathway:             

12. Loop prediction:                               http://falc-loop.seoklab.org/

13. MOL/MOL2:                                     

14. Naccess:                                             http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/

15. NMR structure of MP:                    http://www.drorlist.com/nmr/MPNMR.html

16. Oligo Tm Calculator:                       http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html

17. PEP-SiteFinder:                               

18. Peptide cutsite search:                    http://web.expasy.org/peptide_cutter/

19. Protein-ligand docking:                  http://www.swissdock.ch/docking# protein-ligand docking

20. Pichia genome:                                 http://pichiagenome-ext.boku.ac.at:8080/

21. Protease site prediction:                 http://web.expasy.org/peptide_cutter/

22. Protein calculator:                           http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/ms/methods/proteincalculator.html

23. S-S bond analysis tools:                  http://149.171.101.136/python/disulfideanalysis/search.html

24. S-S bond design:                              http://cptweb.cpt.wayne.edu/DbD2/

25. ZINC15 docking:                              

26. PyMOL Commands:                        

27. Targeted Drugs:                                

28. Interaction Network:                       

29. Primer Designing:                           

30. HomoWater:                                     

NMR and DEER:

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1. ANM Server:                                     http://gor.bb.iastate.edu/anm/anm.htm

2. Basic nmr knowledge:                     http://chem.ch.huji.ac.il/nmr/techniques/1d/pulseq.htm

3. Chemical fluoro:                               http://www.fluorochem.co.uk/Products/Search

4. CPMG online fit software:              http://sherekhan.bionmr.org/app/calculation Sherekhan 

5. CPMG dispersion software:           http://home.gna.org/nessy/reference.html 

6. CPMG Lewis Kay’s lab:                   http://code.google.com/p/chemex/ 

7. DEER softwares:                              http://www.epr.ethz.ch/software

8. DEER Simulation Pronox:             https://ihlab.hsc.usc.edu/pronox/  

9. DESMOS  WAVE FUNCTION:     https://www.desmos.com/calculator

10. Library of NMR pulse;                    http://www.bmrb.wisc.edu/tools/choose_pulse_info.php

11. NMR course;                                      

12. NMRviewJ:                                       http://www.onemoonscientific.com/component/users/?view=registration

13. Solvent shift and polarity:              ty-table

14. ProShift:                                             

15. Pulse sequence writing:                  http://triton.iqfr.csic.es/guide/nmr/smanual/19pul.html

16. The nmrPipeFit component:         http://pound.med.utoronto.ca/~flemming/fuda/

17. The basic NMR:                                

18. Useful links from UC Davis:          

19.  Protein chemical shifts:                  

20. 1H,13C chemical shift prediction:

21. NMR pulse sequence download:   

22. A pratical guide: Protein NMR:    

23. Chemical shift prediction:             

24. Protein chemical shift prediction: 

25. NMRFx (spectral processor):         https:

26. Ad Bax--pulse sequence:                https://spin.niddk.nih.gov/bax/pp/

27. NMR thermodynamics                    

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Membrane Proteins (GPCR) Tools/Database:

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1. GPCR database:                                 http://gpcrdb.org/

2. GPCR-I-TASSER:                              

3. GPCR-SSFE2.0:                                 http://www.ssfa-7tmr.de/ssfe2/precompiled_results_new.php

4. GPCR Pharmacology:                                                                                           type=GPCR

5. cDNA for GPCRs:                              

6. GPCR-SAS (snakeplot):                   

7. GPCR interaction Network:            

8. MP structural dynamics gateway:

9. Basic Pharm: