General Molecular Biology Tools

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1. Addgene                                      

2. America Patent

3. BOXSHADE

4. CLaNP                                               

5. ClusPro                                               

6. Degenerate primers design                

7. DNA sequencing graph

8. EMBLDatabase                                 

9. Gnuplot                                              

10. HOLE                                                

11. KEGG metabolic pathway

12. Loop prediction                                 

13. MOL/MOL2

14. Naccess

15. NMR structure of MP

16. Oligo Tm Calculator

17. PEP-SiteFinder

18. Peptide cutsite search                         

19. Protein-ligand docking                       

20. Pichia genome                                  

21. Protease site prediction                     

22. Protein calculator                              

23. S-S bond analysis tools

24. S-S bond design

25. ZINC15 docking

26. PyMOL Commands                          

27. Targeted Drugs

28. Interaction Network

29. Primer Designing                             

30. HomoWater

31. DNA tools for space removal

32. Biorender

33.  MutSig2CV

 

NMR and DEER

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1. ANM Server                                   

2. Basic nmr knowledge                   

3. Chemical fluoro                             

4. CPMG online fit software             

5. CPMG dispersion software           

6. CPMG Lewis Kay’s lab                  

7. DEER softwares                             

8. DEER Simulation Pronox            

9. DESMOS  WAVE FUNCTION   

10. Library of NMR pulse                   

11. NMR course                                   

12. NMRviewJ                                      

13. Solvent shift and polarity             

14. ProShift                                             

15. Pulse sequence writing                  

16. The nmrPipeFit component        

17. The basic NMR                               

18. Useful links from UC Davis         

19.  Protein chemical shifts                 

20. 1H,13C chemical shift prediction

21. NMR pulse sequence download  

22. A pratical guide: Protein NMR    

23. Chemical shift prediction             

24. Protein chemical shift prediction 

25. NMRFx (spectral processor)         

26. Ad Bax--pulse sequence                

27. NMR thermodynamics                    

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Membrane Proteins (GPCR) Tools/Database

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1. GPCR database                              

2. GPCR-I-TASSER                             

3. GPCR-SSFE2.0                               

4. GPCR Pharmacology                      

5. cDNA for GPCRs                             

6. GPCR-SAS (snakeplot)                  

7. GPCR interaction Network           

8. MP structural dynamics gateway 

9. Basic Pharm